农村清洁工程由农业部2005年以来试点实行，按照“减量化、资源化、再利用”的循环经济理念，以建设资源节约型、环境友好型新农村为目标，以实施清洁田园、清洁家园、清洁水源为主线，以农村废弃物资源化利用和农业面源污染防控为重点，推广畜禽粪便、生活污水、生活垃圾、秸秆等生产、生活废弃物资源化利用技术，变废为宝，化害为利，用经济的手段、市场的机制，建立物业化管理模式。

      农业部规划到2015年，在全国22万个自然村实施农村清洁工程。通过实施农村清洁工程，使项目村实现生活垃圾和污水的处理利用率、农作物秸秆资源化利用率和人畜粪便处理利用率均达到90%以上。

      农业部提出了农村清洁工程五大典型建设模式，即“南方稻区三池一沟”模式、“西南山区三池”模式、“中部平原三池一站”模式、“东北两池一站”模式、“西北干旱区两池一窖”模式。“南方稻区三池一沟”模式是生活污水厌氧净化池+农田废弃物收集池+有机废弃物好氧发酵池+生态拦截沟（塘），主要应用于厌氧沼气池（单户或联户）普及率较高、人口居住比较集中、生活污水量大、村集体经济条件较好的自然村；“西南山区三池”模式是户用生活污水厌氧净化池+农田废弃物收集池+农村有机废弃物发酵池，主要应用于户用沼气池普及率较高、人口居住相对分散、人均生活污水产生量较大的自然村；“中部平原三池一站”模式是集中式生活污水厌氧净化池+农田废弃物收集池+农村有机废弃物集中式发酵处理池+农村物业服务站，主要应用于集中联户式沼气池和三格式净化池普及率相对较高、有一定的技术基础、人口居住较为集中、村集体经济条件较好、具有一定规模的种养殖业、地势平坦的平原型自然村；“东北两池一站”模式是农村有机废弃物集中式发酵处理池+农田废弃物收集池+农村物业服务站，主要应用于秸秆资源丰富、养殖业发达（主要以奶牛养殖为主）、人口居住相对集中的寒带、亚寒带地区的自然村；“西北干旱区两池一窖”模式是农田废弃物收集池+农村废弃物处理池+集雨窖（池），主要运用于干旱少雨、水资源匮乏、经济欠发达地区的自然村。