Самая юго-западная провинция Китая, граничащая на юге с Лаосом и Вьетнамом, на западе с Мьянмой; на севере с Тибетским автономным районом и провинцией Сычуань; на востоке с провинцией Гуйчжоу и Гуанси-Чжуанским автономным районом.
Тропик Рака проходит на юге. Протяжённость границы с Мьянмой, Лаосом и Вьетнамом - 4060 км.
Большую часть территории провинции покрывают горы. На севере предгорья Тибета, в частности хребет Хэндуань, достигают в высоту до 6740 метров. К югу горы переходят в живописные холмы и долины с плодородными почвами.
В Юньнане протекают такие крупные реки как Янцзы, Меконг, а также множество мелких рек, берущих своё начало на тибетском плато: Юаньцзян (Хонгха), Нуцзян (Салуин) и другие. К крупнейшим озёрам относится Дянь-чи, расположенное неподалёку от Куньмина.